Son proteínas que contienen un ácido nucleico derivado de la riboflavina: la flavín adenín dinucleótido (FAD) o flavín mononucleótido (FMN).
Las flavoproteínas están involucradas en una amplia gama de procesos biológicos, tales como, bioluminiscencia, eliminación de los radicales que contribuyen al estrés oxidativo, fotosíntesis, la reparación del ADN y la apoptosis.
Las propiedades espectroscópicas del cofactor de flavina lo convierten en un reportero natural de los cambios que se producen en el sitio activo, lo que convierte a las flavoproteínas en una de las familias de enzimas más estudiadas.